南通大学医学信息学系位于风景秀丽的南通大学启秀校区4号楼，占地1000多平方米，由数字医学研究所、数字医学教学实验中心、远程医学实验室、医学图像处理实验室、医学AI实验室等组成，与循证医学教育部网上合作研究中心南通大学分中心、上海交通大学国家健康产业研究院健康医疗大数据研究所、南通市医学信息学会合署办公。

 学系人才培养最早可追溯到2002年成立并招生的公共事业管理（医学信息学方向），2007年以医学信息学专业开始招生（国内第二家），2007-2008年获省部共建实验室基金建设了具有国内领先水平的HIS模拟实验室、远程医疗实验室和医学图像实验室等专业实验室。2011年率先成立在国内同行中成立医学信息学专业硕士点（基础医学），2012年开始招生硕士生，培养高级专业人才。2013年在南通大学医学院成立并开始招生南通大学生物信息学本科专业。2019年开始国际留学生研究生培养。2021年以智能医学工程专业招生。坚持本科生导师制培养体系，培养的学生先后赴美国、澳洲和国内知名高校深造。培养学生主持获得全国“互联网+”大学生创新创业计划大赛银、铜奖，江苏省首届“互联网+”大学生创新创业计划大赛一等奖，获得2017年全国卫生信息管理专业本科生毕业论文（设计）竞赛二等奖。本科毕业生就业率100%，先后有学生进入上海（复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、附属儿科医院）、南京、苏州等事业单位和公司。

 学系专职教师12人，高级职称5人，博士10人。先后与美国哈佛大学、美国德州大学生物医学信息学院、南加州大学生物医学工程学系、英国德蒙福特大学计算智能中心、英国莱斯特大学、香港理工大学开展合作交流。主要研究方向为慢病大数据研究。近年来教师团队获得江苏医学科技奖二等奖，主持国家级资助各类研究项目7项，省部级项目8项，市级项目10项；发表SCI、EI论文60余篇，国家级精品教材1部，省级重点教材2部，省级精品在线课程1部，申报国家发明专利20项，在国内同行处于第一方阵。